Pasan dos años después de que Naruto y Sakura se fueran a entrenar cada uno con su maestro sannin, en este caso, Naruto se fue con Jiraya y Sakura con Tsunade. Ya tienen 14 años y son unos geniales ninjas, Naruto ha aprendido muchas técnicas nuevas y ha perfeccionado el Kage Bunshin aparte de otras que ya las verán a lo largo de la serie, más una técnica secreta. Sakura ha aprendido todo sobre la medicina ninja, y se ha convertido en una ninja médico. Los otros personajes sin olvidarlos, también han evolucionado subiendo de rango de ninja (todos menos Naruto) y también los temas amorosos, Shikamaru ya tiene novia. Pero durante esos 2 años, los Akatsuki se han preparado para lo que viene. Empiezan a mover ficha yendo a buscar a los 9 demonios de chakra legendario (Kyubi, Shukaku de la arena y siete más) pues en esta segunda temporada, lo que va a tener mucha importancia serán los demonios legendarios y los Akatsuki, ya que se desvelarán los rostros de los miembros poco a poco.
EL RESCATE DEL KAZEKAGE
Naruto Shippuden: 1."Vuelta a casa" 2."
Naruto Shippuden: 3."Los resultados del entrenamiento"
Naruto Shippuden: 4. "El Jinchūriki de la arena"
Naruto Shippuden: 5."¡Como el Kazekage...!"
Naruto Shippuden: 6."Contingente despejado" 7."
Naruto Shippuden: 8."El equipo Kakashi desplegado"9."
Naruto Shippuden: 10."Tecnica de sellado"
Naruto Shippuden: 11."La aprendiz de Tsunade"
Naruto Shippuden: 12."La determinación de la anciana"
Naruto Shippuden: 13."Los dos destinos se cruzan"
Naruto Shippuden: 14."Naruto crece"
Naruto Shippuden: 15."El nombre de la esfera oculta!"
Naruto Shippuden: 16."El secreto del Jinchūriki"
Naruto Shippuden: 17."Gaara muere!"
Naruto Shippuden: 18."¡¡Abertura!! Entrada salvadora"
Naruto Shippuden: 19."¡Trampas en la operación!"
Naruto Shippuden: 20."Hiruko contra las dos kunoichi"
Naruto Shippuden: 21."La verdadera cara de Sasori"
Naruto Shippuden: 22."Padre y Madre" 23."La mano interna de Chiyo"
Naruto Shippuden: 24."El tercer Kazekage"
Naruto Shippuden: 25."Tres minutos de vida y muerte"
Naruto Shippuden: 26."10 marionetas contra 100 marionetas"
Naruto Shippuden: 27."Sueño imposible"
Naruto Shippuden: 28."El retorno de las bestias"
Naruto Shippuden: 29."Resplandor de Kakashi!"
Naruto Shippuden: 30. "Estetica instantanea"
Naruto Shippuden: 31."La nueva generacion"
Naruto Shippuden: 32."El retorno del Kazekage"
EL TAN ESPERADO ENCUENTRO
Naruto Shippuden: 33."El nuevo objetivo"Naruto Shippuden: 34."¡A formar! El nuevo Equipo Kakashi"
Naruto Shippuden: 35."Una acción innecesaria"
Naruto Shippuden: 36."Sonrisa fingida" 37."Sin titulo"
Naruto Shippuden: 38."Simulando batallas"
Naruto Shippuden: 39."El puente del cielo y la tierra"
Naruto Shippuden: 40."El Kyūbi desatado"
Naruto Shippuden: 41 "La Misión secreta comienza"
Naruto Shippuden: 42."El Jinchūriki vs Orochimaru"
Naruto Shippuden: 43."Lagrimas de Sakura"
Naruto Shippuden: 44."Las circunstancias de la lucha"
Naruto Shippuden: 45."Los resultados de la traición"
Naruto Shippuden: 46."Página inacabada"
Naruto Shippuden: 47."La guarida de la serpiente venenosa"
Naruto Shippuden: 48."Vinculos"
Naruto Shippuden: 49."Persona importante"
Naruto Shippuden: 50."El libro de dibujos cuenta una historia"
Naruto Shippuden: 51."Reunión" 52."El poder Uchiha"
Naruto Shippuden: 53."Titulo"
RELLENO: LOS DOCE GUARDIANES NINJA
Naruto Shippuden: 54."Pesadilla"Naruto Shippuden: 55."Viento"
Naruto Shippuden: 56."Retorcerse"
Naruto Shippuden: 57-58. "Privados del sueño eterno"
Naruto Shippuden: 59."Nuevo enemigo"
Naruto Shippuden: 60."Mutación"
Naruto Shippuden: 61."Contacto"
Naruto Shippuden: 62."Compañero"
Naruto Shippuden: 63."Dos Reyes"
Naruto Shippuden: 64-65. "El fuego negro asecha la señal
Naruto Shippuden: 66."Almas reanimadas"
Naruto Shippuden: 67."Múltiples batallas"
Naruto Shippuden: 68-69. "Chakra rojo"
Naruto Shippuden: 70."Resonancia"
Naruto Shippuden: 71."Amigos"
LOS DESTRUCTORES INMORTALES,
HIDAN Y KAKUZU
Naruto Shippuden: 72."Una amenaza asecha"Naruto Shippuden: 73."Invasión de Akatsuki"
Naruto Shippuden: 74."Bajo un cielo estrellado"
Naruto Shippuden: 75."La oración del viejo monje"
Naruto Shippuden: 76-77. "El siguiente paso"
Naruto Shippuden: 78-79. "Hizo sentencia"
Naruto Shippuden: 80."Últimas palabras"
Naruto Shippuden: 81."La triste noticia"
Naruto Shippuden: 82."Equipo 10"
Naruto Shippuden: 83."Blanco en la mira"
Naruto Shippuden: 84."El poder de Kakuzu"
Naruto Shippuden: 85."Terrible secreto"
Naruto Shippuden: 86-87. "La genialidad de Shikamaru"
Naruto Shippuden: 88."Fūton: Rasen-Shuriken!"
